『黒鉄の魚影』のキーパーソンとなる灰原哀について、TVシリーズ超人気エピソード「漆黒の特急(ミステリートレイン)」をメインに、その他エピソードから重要シーンを抜き出して再構成した、彼女の過去に迫るTVシリーズ特別編集版。 科学者で黒ずくめの組織の一員、宮野志保【コードネーム シェリー】は、神秘的な毒薬APTX4869を開発する。それは、工藤新一を幼児化させた薬だった。しかし、黒ずくめの組織が、姉・明美を殺害したと知ったシェリーは、組織を裏切り、自身もAPTX4869を飲んでしまう。薬によって幼児化した彼女は、灰原哀と名乗り、身を隠しているのだが…。少しずつ、だが確実に、黒ずくめの組織が、彼女に影を落とす。組織の幹部、ジンと最悪の再会を果たし、命を狙われた『黒ずくめの組織との再会』。バスジャックに遭遇した車内で、組織のメンバーの気配を感じ、死を覚悟した『謎めいた乗客』。クライマックスは、豪華列車の中で窮地に追い詰められた『漆黒の特急』。ベルモット、そしてバーボンとの直接対決に敗れた灰原は、組織の思惑通り、貨物車の爆発に巻き込まれ、死亡したと思われたのだが…。